Esto no tiene nada que ver con PHP... las cosas que necesitas aprender para lograr lo que queres es:
1- Mostrar un archivo de flash con fondo transparante (es pasandole un parametro... busca wmode en google o aca en el foro).
2- COmo poner este archivo en una capa que se ubique por sobre encima del contendio: le tenes que dar posicion absoluta y un z-index bien alto:
<div style="position: absolute; left: 100px; top; 100px; z-index: 100 ">codigo del archivo flash</div>
3- como hacer una funcion en javascript para ocultar y/o mostrar esa capa.
4- como llamar desde el flash dichas funciones de javascript.
No es obligacion que esa capa tenga un archivo flash adentro.,.. le podes poner cualquier cosa. Lo mas importa es hacerlo aparecer y desaparecer.