Esto pasa porque la ventana tiene el mismo nombre o no tiene nombre, es decir:
window.open('url','nombre','atributos');
donde:
url - es la pagina a abrir
nombre - nombre de la nueva ventana
atributos - atributos de la nueva ventana
Tenemos varias opciones.
1. Es cerrar la ventana que tenias abierta despues de un determinado tiempo, esto se hace así.
self.setInterval("window.close()",60000);
donde 60000 esta en milisegundos (1 minuto)
2. Cambiar el nombre de la ventana ('nombre') en cada click, esto lo puedes hacer con un contador o un random, donde el valor de la variable sea el nombre de tu ventana, de esta forma tendras tantas ventanas abiertas como numero de combinaciones de variable tengas.
Saludos!
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