Jeje
, definitivamente es mejor usar FC3 que RH9.
El problema es que el ciclo de vida de Fedora es corto, por lo que es mejor usar siempre la última (o penúltima) versión. Si quieres ciclos de vida más largos (a costa de usar programas más antiguos) es mejor usar RHAS o uno de sus clones (como CentOS).
En todo caso, actualizar a la siguiente versión de Fedora no debería ser problema. Basta con meter el CD, reiniciar y elegir la opción "Actualizar".