Por desgracia, creo que efectivamente sólo puede existir uno. Por tanto tienes que poner la misma página de autenticación para todo el sitio y después discernir desde ella qué tipo de permisos tienes que habilitar dependiendo del directorio al que se esté intentando acceder.
De hecho, ahora mismo voy a publicar la solución a un tema que planteé hace unos días y que resuelve este problema. No sé si es la manera más ortodoxa pero funciona.
El enlace es este:
http://www.forosdelweb.com/f78/conocer-rol-permitido-directorio-325791/
Un saludo.