Tienes un pequeño error al establecer las condiciones de join. Fíjate que al hacer el join no separas las tablas con ",", sino que se van poniendo sucesivamente los join con sus condiciones.
Código:
select c.nombre as nombrecli, s.nombre as nombresec, p.id as id,
p.ano as ano, f.nombre as nombre, p.subtitulo as subtitulo
from (((proyectos as p inner join ciudad as f on p.id_ciudad = f.id)
inner join clientes as c on p.id_clientes = c.id)
inner join sectores as s on p.id_sectores = s.id)
where p.id_iso639='ES' and f.id_iso639='ES' and p.visible=1
and f.visible=1 and p.produccion=1
and f.produccion=1 order by p.id limit 0,4
Espero que te sirva.
Un saludo.