Hola Salome:
Supongo que sólo existirá ese problema si pasas el SID por url o si los tres frames están en subdominios distintos.
Hasta donde yo sé, si utilizas cookies para propagar el SID, no deberías tener problemas porque todas las instancias del navegador comparten las mismas cookies.
O sea, que los tres frames utilizarán las mismas variables de sesión.
Saludos