Pues entonces empieza poco a poco:
http://php.net y
http://mysql.com. Pero que conste que estás intentando reinventar la rueda. Si no te gusta php-nuke, hay muchos sistemas CMS parecidos, cada uno con sus ventajas e inconvenientes. Algunos ejemplos que uso yo, más sencillitos que PHP-Nuke:
http://www.jaws-project.com/ y
http://www.cmsimple.dk/ (muy sencillo y bastante bueno).
Ah, por cierto, arriba dije que Nuke es propietario, pero me equivoqué: es GLP.