Efectivamente el S.O. tenía mucho que ver. Gracias a tu respuesta estuve investigando por intenet y por lo visto debía tener algún archivo corrupto.
Solucionarlo era muy difícil, así que he cambiado la placa y el procesador y he instalado WindowsXP.
Acabo de instalar Tomcat sin ningún problema, veremos como se desarrolla todo de ahora en adelante.
Otra vez muchas gracias