Creo que voy entendiendo...
La asignación de la fecha final deberías hacerla inmediatamente después de cerrar la ventana/capa de selección de la fecha inicial...
Busca en el fichero popcalendar.js la función hadeCalendar... Parece que el elemento es crossobj... deberías añadir algo así...
if (crossobj.value != "") final.value = crossobj.value;
Pero el script de otros es difícil retocar...
Y para el caso de que la fecha se escriba deberías poner lo que te puse más arriba:
<input type=text onblur="final.value = this.value" name="inicio" />
Me parece que tunait también tiene un script parecido... tal vez sea mejor que uses su script así ella te podrá ayudar mejor.
Saludos
