Tienes que modificar los parametros de tu swf .. aca esta un ejemplo
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="454" height="54">
<param name="movie" value="images/anim.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="images/anim.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" wmode="transparent" width="454" height="54"></embed>
</object>
ahi el parametro <param name="wmode" value="transparent">
es lo que hace q no se vea encima del flash
Saludos