Creo que la mayoría de los problemas vienen por la ignorancia de cómo funcionan las cosas en Linux. Los usuarios que vienen de Windows están acostumbrados a programas monolíticos que hacen de todo y que se instalan manualmente. En cambio, el enfoque de la mayoría de las aplicaciones en Linux es crear muchos programas pequeños que dependen unos de otros.
Linux no es más difícil; sólo es distinto. De hecho, para mí es mucho más fácil escribir un simple "yum install firefox" que el tener que ir a la web de Mozilla, buscar una versión de Firefox adecuada para mi equipo, descargarla, instalarla manualmente, ...
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este manual que escribí hace un tiempo acerca de cómo instalar programas en Linux.