Sí, obligatorio1 y obligatorio2 son las cajas de texto. Puede ser una pregunta tonta, pero uno no siempre tiene que saberlo todo

El problema es que yo nunca ví un select con opciones que esté vacío...
La alternativa es que el alerta se muestre cuando una de las opciones es seleccionada:
"document.forms[0]['nombre_del_select'].selectedIndex==n", donde "n" es la opción que muestra el alert.
¡¡¡El código de arriba tiene un error!!!
Te lo corrijo:
Código PHP:
if (document.forms[0]['obligatorio1'].value=='' ||
document.forms[0]['obligatorio2'].value=='')
alert('Error');
else
document.forms[0].submit()
El errror era que,en vez del "or" van los signos ||
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Edito el mensaje: parece que JavierB y yo escribimos el mensaje a la vez y ya corrigió el error del código, así que tenés dos respuestas.