Lo que tienes que hacer en el programa de resourcehacker, es primero abrirlo, después abrir el archivo.exe generado por Flash, luego de esto en el menu del programa selecciona la carpeta Icon, se abren más carpetas con numeros selecciona el numero 1, al seleccionarlo se despliega el 1033 seleccionalo y da clic en el menú Special/Replase Icon/Open file with new icon/seleccionas el archivo con extensión .ico/Clic en el botón Replace.
Para que los cambios tengan efecto haces esto:
Menu File/Save As.../escribes el nombre del proyecto a tu elección/Aceptar
Y eso es todo...
Saludos, cualquier duda lo preguntas.