IE tiene muchos problemas para determinar de forma correcta el valor del height, lo que siempre ha ocasionado problemas para centrar vertivalmente. De cualquier manera prueba con este código:
En <head>
Código:
<style>
html, body{
height: 100%;
margin: 0;
border: 0;
}
#tabla{
position: absolute;
left: 50%;
top: 50%;
width: 640px;
height: 480px;
margin-left: -320px;
margin-top: -240px;
}
</style>
En <body>
Código:
<div id="tabla">
<table border="1" width="640" height="480">
<tr><td>la tabla</td></tr>
</table>
</div>