Hola:
Sí, con ese código se tiene que abrir también en la activa... Hay una forma para abrir un enlace en un popup que está en las FAQs, el código sería:
<a href="Ventana.htm" onClick="window.open('', 'ventana','width=300, menubar, resizable, height=500, top=70, left=200')" target="ventana">Ver Fotos</a>
Fíjate en el target igual al 2º parámetro del open.
Saludos
