Hola tycho:
Deberías declarar la variable php antes de usarla...
Código:
<html>
<head>
<?php
$varphp = "hola";
?>
<script languaje="JavaScript">
var varjavascript = "<? echo $varphp; ?>";
document.write(varjavascript);
alert(document.write(varjavascript));
</script>
</head>
<body>
<!--?php
$varphp = "hola";
?-->
</body>
</html>
Saludos