yo se hacerlo pero parcialmente. Bueno primero debemos de insertar el archivo swf dentro de una etiqueta div:
Código HTML:
<div style="position:absolute; left:324px; top:70px; width:350; height:340; z-index:1;">
<OBJECT classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,40,0"
WIDTH="550" HEIGHT="400">
<PARAM NAME=movie VALUE="pelicula.swf">
<PARAM NAME=quality VALUE=high>
<PARAM NAME=bgcolor VALUE=#FFFFFF>
<PARAM NAME=wmode value=transparent>
<EMBED src="pelicula.swf" quality=high bgcolor=#FFFFFF WIDTH="550" HEIGHT="400"
NAME="myMovieName" ALIGN="" TYPE="application/x-shockwave-flash"
PLUGINSPAGE="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer">
</EMBED>
</OBJECT>
</div>
cambien los atributos left,top,width y height para ajustar la posicion y tamaño de la capa;el atributo z-index indica la profundidad de la capa,es decir que tan al frente de los demas elementos aparecerá.con el valor 1 es suficiente para que cubra a los demas elementos de la pagina. luego la parte de
<PARAM NAME=wmode value=transparent>en el codigo, sirve para que el fondo del swf sea transparente y parezca que realmente flota sobre la pagina. Ahora digo que es parcial la forma que he dicho porque para cerrar la animacion, se requiere llamar a una funcion de javascript que oculte a la capa donde esta contenida la animacion, y de javascript no se mucho. otra cosa por decir esque lo del fondo transparente no es soportado por todos los navegadores, por ejemplo IE lo soporta pero en firefox sale la animacion con color de fondo.