Haber, los 3 niveles los haces en la aplicación Cliente. El servidor que tu mencionas es el RBDMS (Como por ejemplo MySQL, PostgreSQL o SQL Server).
Tu con el cliente te conectas a ese "servidor", lanzas la consulta y recibes los datos en el mismo cliente.
Las tres capas consisten en lo siguiente:
1-. Capa de presentación:
En esta capa, realizas el diseño de los formularios, y las llamadas a la capa de Negocio.
2-. Capa de Negocio:
Se encarga de, por ejemplo, formatear los datos recibidos y de usar la capa de Acceso a BD para recoger los datos.
3-. Capa de Acceso a BD:
En esta capa, has creado las clases necesarias para realizar una conexión a la BD, lanzar un SP o para lanzar una vista, etc..
Espero haberte aclarado, y sino .... poco a poco.
