Sí, sube carpetas con todo su contenido. La web del autor es
http://www.nicosw.com, aunque no rula. Lo puedes encontrar aquí:
http://www.softonic.com/ie/8367/NICO_FTP, aunque el enlace de la antigua web del autor no funciona, alguien lo ha colocado aquí:
http://es.geocities.com/losdecasasoft/Nicoftp3.zip (puedes ver ese enlace en esa página de softonic).