Hazlo con
qtparted, un clon libre de Partition Magic. Borras todas las particiones que halla en el disco duro que quieres formatear, después haces las particiones que quieras, con el sistema de ficheros que quieras (te recomiendo ext3, pero allá cada cual). Es muy fácil hacerlo, se hace de forma gráfica. Después, para montarlas, editas el fichero
/etc/fstab, y añades tantas líneas como particiones hallas creado:
Ejemplo:
/dev/hdb1 /punto/de/montaje ext3 defaults 0 2
Guardas, y listo. La primera vez tendrás que montar las particiones "a mano", con
mount /punto/de/montaje, pero al iniciar la máquina ya las montará sola.
Saludos.