Una posible solución algo pintoresca (lo que se pide también lo es) podría ser trabajar con marcos.
Se podría crear un marco por ejemplo con dos columnas, donde en la izquierda estaría la aplicación que manda los datos y en la derecha donde se quieren enviar, pudiendo pasar la variable que queramos por get y capturándola en el otro lado.
Para estar en una aplicación primero y luego en la otra quedando visualmente como si las cargáramos sucesivamente, se podría poner el primer frame al 100% sólo viéndose éste, y al enviar los datos, redimensionar al 100% el segundo frame ....
El tema de la comunicación entre diferentes windows con javascript está limitado a su window padre, para ver otros objetos que no sean de ese padre tendríamos que acceder a la Api del navegador y con un lenguaje de cliente como javascript no es posible, ya que presenta restricciones para ello.
Saludos
