Si claro, puedes borrar todos los datos de esa partición, en cuanto a lo de lilo, antes de hacer nada hazte un disco de arranque de windows, una vez formatees la particion de linux, arrancas con el disco y una vez en C: haces fdisk/mbr y te dejara el sector de arranque como antes, sin el lilo.
De todos modos, no te aconsejo que desinstales, linux, dale una oportunidad y veras como te gusta.
Saludos
Herje
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