Hola,
Depende en qué lenguaje de programación lo quieras elimiear un item o elemento o registro dentro de un documento xml, por ejemplo para Javascript sería de la siguiente manera:
Código:
var XMLDoc = new ActiveXObject("Microsoft.XMLDOM");
var strXPath = "/root/elemento[@eliminar='Si']";
var objNode = XMLDoc.selectSingleNode(strXPath);
XMLDoc.documentElement.removeChild(objNode);
Para otros lenguajes es de similar codificación.