El paso 1 es crear las tablas de tipo innodb, luego relacionarlas con algun administrador grafico como MySq Administrator es lo mas facil, lo otro es aprenderse la sintaxis para la creacion de tablas e indices.
Mysql administrator:
http://dev.mysql.com/downloads/administrator/1.0.html
Usar Claves foraneas:
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/ex...eign-keys.html
InnoDB
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/innodb.html
No se si habrá documentacion en castellano, pero el inglés es necesario, ya lo sabemos.