Pues te recomiendo la segunda opción, ya que es mas práctico manipular una base de datos cuando uno está fuera. Ya sea creando tu un administrador, o simplemente con PHPMyAdmin.
Tambien puedes usar lo que dices de las carpetas, pero usando tambien el bonito ejemplo de PHP que se encarga con Apache, optimizando así lo que dices. Juntas tus dos ideas con esto:
http://www.zonaphp.com/articulo30.php
Salu2