Hola, es según el theme que tengas. Yo por ejemplo tengo el theme configurado de forma que el banner se encuentre a la derecha del logo de mi página, arriba del todo. Entonces modifico el archivo "theme.php" de la carpeta del theme que estoy utilizando y dentro busco algo parecido a:
include("banners.php");
Que és donde se encontraría el banner. Bien, pues entonces he creado un nuevo texto del bloc de notas donde dentro del texto se encuentre el código de Adsense y lo llamo "publicidad.html". Hecho ésto, modifiqué lo anterior de "theme.php" por:
include("publicidad.html");
Lo guardé, lo subí al servidor y perfecto.
Espero que te sirva, saludos!