Lo mejor es que consigas un disco de inicio de win 98 como ya te dijeron, y puedes entrar a fdisk y eliminar la partición, y luego formatear, o simplemente darle formato, si quieres un formato rápido dale "format c: /q" al menos eso me parece lo mas facil, porque que yo sepa no existe software como tal q sirva para formatear la máquina, y si lo hay, seguramente es igual o mas complicado que hacerlo de la manera tradicional. Con el CD tambien es sencillo de hacer, te aparece después de aceptar el contrato y otras cuantas cosas la opción que dice: formatear nts, nts rapido, fat32, etc. etc.
