Si corres php bajo windows puedes usar la clase COM, documentacion en:
http://www.php.net/manual/es/ref.com.php
Asi puedes alterar un archivo xls directamente.
Otra opcion sería crear un grafico desde php con GD o con alguna clase que use GD, guardar el grafico como una imagen y luego crear el codigo tal como si fueras a mostrar html y ese codigo guardarlo a un archivo xls (ese codigo incluiría la etiqueta img necesaria para ver la imagen), tal como se muestra en el post:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...356#post254356
eso ya funcionaria para cualquier caso, pero el grafico no seria modificable desde excel, si no solo desde tu programa, dado que en realidad sería una imagen.