El Tomcat Web Server es registrado con el IDE automaticamente. Sin embargo antes de que puedas extender una aplicacion WEB tienes que registrar una instancia local del IDE. Si has instalado en NetBeans IDE/SJS Application Server, la aplicacion local es registrada automaticamente.
Elige: tools -> Server Manager desde la ventana principal
Haz click en Add Server. Selecciona el tipo de servidor y da un nombre a la instancia.
Haz click en Next.
Especifica la informacion de servidor, la localizacion de la instancia local de la aplicacion servidor, y el dominio en el cual tu quieres extender.
Esto lo he sacado de la pagina
http://www.netbeans.org/kb/41/quickstart-webapps.html