pues igual que lo harias en un archivo html normal ...
Código HTML:
<html>
<head>
<?PHP
...
...
?>
...
...
<script language="JavaScript" src="librerias.js">
</head>
<body>
<?PHP
...
...
?>
</body>
</html
>
... el PHP NO interprera javascript NI html. Lo único que hace es leer esas líneas y enviarla a tu browser (Internet Explorer, NetScape, Moxilla, etc). Luego será tu browser quien interprete y ejecute esa líneas.
recuerda:
PHP y MySql.- Se ejecutan en el servidor.
JavaScript y Html.- Se ejecutan en el Navegador.