Una vez leido y asignado el contenido --o parte de-- a una variable, usa la función explode() de la siguiente manera:
Código PHP:
$contenido "Este, es, el contenido, del archivo";
$regis= explode(",", $contenido);
// Entonces accedes a las partes/registros así
echo regis[2]; // imprime "el contenido"
echo regis[0]; // imprime "Este"
www.php.net/explode
Suerte!
