Cita: mi aplicación lee por default la configuración almacenada en un Web.Config (me supongo), ahí va la pregunta, cómo le digo yo que en vez de leer el Web.Config lea el Weg.Configs?.
Mira.. por default.. está el archivo .config de la app... y en último de los casos.. puedes crear secciones en tu web.config para cada una de las empresas..
Pero si vas a tener una configuracion por c/u porque no la metes en una BD??