Yo los borro a lo bestia
entro en la carpeta "historial" en windows, selecciono todo y BORRO. cuando vuelvo a utilizar IE se regeneraN las carpetitas de nuevo
Y para hacer una buena limpieza de archivos no hay nada como el "Eraser". Con él puedes entrar en el content de los archivos temporales de internet y cargarte todo, todito, todo.