Bueno, esta información depende de donde estés trabajando.
X ejemplo aqui hice un sistema de actividad entrada / salida según yo version 1.0. Pero resulta que las necesidades de los trabajadores aumentan x lo tanto me dicen oye sabes que hay que cambiar esto, de tal forma que sea más fácil, o la apariencia etc.
Una versión cambia cuando hay cambios importantes, cuando no se sigue la misma versión ejemplo :
1.0 a 1.3 = Hubo modificaciones minimas
1.0 a 2.0 = Cambio la apariencia, se mejoro el rendimiento etc.
Es como los sistemas operativos,
Como te repito, depende de las necesidades de la organización.