Hola. puede ser que se te de el caso de la imposibilidad de crear un boot para el Windows98SE partiendo del mismo sistema operativo (creo que es tu caso)
, en ese caso te recomiendo una página que trae arranques para la mayoría de los sistemas operativos.
Haz el download del archivo de boot que necesitas y posterior a eso puedes crear el disco, así de simple.
Sobre las actualizaciones, nada mas que tenes que acceder a Inicio--->Windows Update, las cuales se realizan de una forma casi automática.
Informame si conseguiste hacerlo, saludoooss.....
Diego Riveros.
http://www.bootdisk.com/