Hola.
Acabo de buscar en google ese error tuyo y por lo visto no eres el único... A otros usuarios de ese mismo panel de control les ha sucedido lo mismo.
El siguiente comentario lo saqué de
http://directadmin.com/forum/showthr...?threadid=6485.
Cita: FIXED!
DA Support revealed this in email:
DA does not use apachectl due to the special config they have for Apache. The command will throw an error for the configtest command.
Instead, use /usr/local/etc/rc.d/httpd [start|stop|restart].
So... that's that. 
Dice que el soporte técnico de DirectAdmin le dijo que el panel de control no usa el comando
apachectl para iniciar apache debido a la configuración especial que lleva tal panel. En su lugar, debes usar el comando
/usr/local/etc/rc.d/httpd [start|stop|restart].
Honestamente no sé qué relación pueda tener este procedimiento conque no puedas iniciar php, pero como te digo, dice en un foro de ese panel.
Por cierto, no entendí lo que me dijiste de las dos versiones cuando te comenté que volvieras a instalar php.
Saludos.