Código:
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<!--
function Abrir()
{
var cadena = "height="+screen.availHeight/2 +
",width="+screen.availWidth/2 +
",left="+screen.availWidth/4+
",top="+screen.availHeight/4
window.open("ventana2.html","",cadena)
}
// -->
</SCRIPT>
esto te crea una ventana centrada que te mide la mitad de la resolucion de la pantalla