Lo de que hay programas funcionando lo debe estar diciendo por algun antivirus que tenes instalado. Deberias deshabilitar el antivirus (mejor aun, desistalarlo), anque puede ser que te lo vuelva a decir.
Lo mejor es iniciar con un diskette. Lo que sucede es que no esta seteada la bios para bootear con diskette.
Justo cuando arranca la maquina fijate que te debe aparecer en la pantalla (abajo) una leyenda como "Press DEL to enter setup" o algo por el estilo.
Entonces, presiona la tecla Del o Supr y entras en el setup. Ahi vas a la configuracion avanzada, y en algun lugar dira algo como boot secuence o algo asi y debes seleccionar la diskettera como unidad de booteo (A: o Floppy).
Listo, eso es todo.
Una recomendacion personal: deja instalado el 98, el ME es realmente de lo peor que hay.
Saludos.
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