Comportamiento extraño deshabilitando botones

[KarlanKas]

Si al abrir el pop up le pones siempre el mismo nombre siempre se abrirá sólo uno. Así:

pepe=window.open("pagina.html","pepe","width=100,h eight=200");

Y lo mejor es que pongas el código en la página madre con un onclick. O prueba a poner una function en la madre:
function pepe(){
document.getElementById('Btn').disabled = true;
}

y llamas a la función desde la popup así:
opener.pepe();

Dime a ver como te fue...