Importar desde Navicat

[Boneless]

Hola, tengo una BD en access y la quiero importar a mysql por medio de navicat, hasta alli todo bien, el problema es que phpmyadmin me la muestra como tipo InnoDB y no como tipo MyISAM, eso para mi representa un problema ya que cuando mando a guardar en la BD no se puede, mi pregunta es si existe alguna diferencia entre usar InnoDB y no MyISAM, si es asi, que alguien me diga como hago en Navicat o en phpmyadmin para cambiarle es propiedad a la tabla.