Pues a mi me suecedió algo parecido, dónde no podia passar de SWF a AVI porque tenia movieclips en una animación. Lo resolví con un programa muy eficaz, se llama:
SWF2Video Pro. puedes encontrarlo en:
http://www.swftools.com/tools-detail...ool=2099281246
Espero que te funcione,
Un saludo.