ten en cuenta que al pasar la variable por la URL, las tendrás que recoger así:
$_GET["dir"]
El código en verde:
if (is_dir($file)==true){
//echo "isdir<br>";
echo "<img src='images/folder.gif' width=20><a href='$_SERVER[PHP_SELF]?dir=$file'>$file</a><br>" ;}
no te lo detecta porque la variable $file la pierdes (si tienes register_globals=off ).Tendrias que pasarla tambien por la URL
saludos