Depende...
La secuencia básica es esta:
1- Haces una petición al servidor.
2- Ahí se ejecuta todo el código PHP.
3- Una vez terminada la ejecución te devuelve un documento HTML/JavaScript.
Si quisieras utilizar una variable que tienes en JavaScript, tedrás que buscar la manera de hacer una nueva petición al servidor pasándole esa variable (url, formulario). Puedes emplear una redirección o un submit() de algún formulario. Al hacer eso, la secuencia vuelve a ejecutarse.
Si lo que quieres es evitar la recarga de toda la página, deberías utilizar técnicas de Remote Scripting o Ajax (que se está poniendo de moda, por cierto).
Saludos
