Si lo pones dentro de una carpeta solo podrás indexar aquellas URLS que esten dentro de esa carpeta....
Google dice bien claro:
Si el sitemap esta en /carpeta/
http://www.dominio.com/carpeta/otracosa/archivo.html <- es valido
http://www.dominio.com/archivo.html <- no es valido
Fijate si en ambos SITEMAPS usas las mismas URLS
es decir, si al primer sitemap le pones la URL completa de cada archivo:
<loc>http://www.dominio.com/legal.html</loc>
No podes meter esa misma URL en el sitemap del sominio dominio.com.ar ... obviamente dará error...