En el mismo itemdatabound de tu grid haz una condición para verificar que solo le aplique el estilo a los items..
Te quedaría algo así:
Cita: Private Sub DataGrid1_ItemDataBound(ByVal sender As Object, ByVal e As System.Web.UI.WebControls.DataGridItemEventArgs) Handles dgMessengers.ItemDataBound
If e.Item.ItemType = ListItemType.Item Or _
e.Item.ItemType = ListItemType.AlternatingItem Then
e.item.cells(0).text = format(e.item.cells(0).text, "000,000")
End If
End Sub
Salu2