Que Tal!!
Mira yo te recomendaria C# ya que te sirve para practicamente todo. Esta extendiendose tremendamente a nivel mundial como el mas utilizado y existen proyectos (busca el proyecto MONO

) que permiten desde ya programar en C# en un entorno Windows y migrarlo y hacerlo correr en Linux.
El otro lenguaje que esta pegando fuerte (hablando de .NET) es VB.NET, pero si algo lo haces en c#, hay herramientas que te convierten el codigo a VB

.
En Resumen: Te recomiendo C#

. Ahora si tienes que hacer algo de programacion directa con el S.O. te recomiendo C++.NET.
Un Saludo!