Hasta donde yo se AMD 64 es totalmente compatible con aplicaciones de 32 bits, pero ya no es compatible con las de 16 bits.
Yo creo que vale la pena mas comprarte el AMD 64, ya que este es mas potente por su arquitectura de 64 bits y aparte mas barato.....
Si usas un Os como Ms-Dos pues mejor pentium 4(bueno que hasta un 486 le iria de maravilla
). Si usas windows 9x, pues si hay posibilidad que algunas aplicaciones te fallen, pero en windows xp, ya lo dudo, todo depende de las aplicaciones que uses, aparte si una aplicacion es de 16 bits y viene con source, puedes recompilarla usando la arquitectura de 64 bits aumentando asi su eficiencia.
Espero haber ayudado.
SAludos