porque no pruebas para que se abra un ventana nueva en vez de que se abra en un pop up, la secuencia es al final del nombre
www.elsitio.com/documento.pdf _blank, si miras en la ayuda de flash te pone un ejemplo, yo creo que de esa manera se te abrira.
puedes mirarlo en mi pagina en la seccion de revista, yo lo tengo puesto de esa manera.
saludos y espero haverte ayudado.