Más vale preguntar que quedarse con las dudas
Por el "test de disco" me refiero a las herramientas del fabricante del disco, cada marca tiene su conjunto de utilerías que analizan el disco entero. scandisk/chkdisk puede llegar a ser últil despúes del test del fabricante (si estás en posicion de correrlo).
El como colocas el disco en el canal secundario no es problema, en lo personal intento dejar los discos como primarios, pero lo hago más por manía que por alguna razón particular.