El proceso es bastante laborioso:
Lo primero que debes hacer es un esquema entidad-relacion, esto es, debes identificar las entidades, entendiendo como entidad una situación, un objeto o algo sobre lo que quieras guardar información. Luego debes identificar los atributos, es decir qué características de la entidad deseas guardar:
entidad: empleados, facturas, coches...
atributos: dni, nombre, apellidos...
Una vez que tengas identificadas las entidades y los atributos de cada entidad debes establecer la relaciones existentes entre las entidades, teniendo en cuenta que en no solo hay relaciones entre dos entidades sino que a veces las hay entre 3...
Por ejemplo: un empleado vende coches
Un empleado emite facturas...
Con este esquema se elabora otro pero no voy a entrar en detalles...
La normalización de la base de datos es muy importante, sea el sistema gestor de bases que sea (en este punto no estoy de acuerdo con Oblacionx), la normalización consiste en la corrección de errores en el diseño de estos esquemas atendiendo a una reglas llamadas formas normales, se entiende que una base de datos está correctamente normalizada si cumple hasta la tercera forma normal... El objetivo es evitar la inconsistencia de los datos almacenados evitando redundancias, etc...
Por último y una vez correctamente normalizada se implementa en un sistema gestor de bases de datos, es importante la integridad referencial (que vienen siendo las relaciones entre las entidades que comentaba antes), si usas mysql ésta se implementa con un tipo de tabla llamada InnoDB.
He de decir que esto es lo que haría un profesional, que no es el caso, de manera que el consejo que te doy es: paciencia, las cosas no salen a la primera.
Te recomiendo eches un vistazo a algún tutorial que hable algo al respecto, en este momento no se me ocurre ningún sitio, pero puedes preguntar por
http://www.mysql-hispano.org
Espero haberte aclarado algo el proceso.
Saludos.